■B-コマンダー
［カスタム特性：複数のブレードをブレードボタン+方向キーで使い分けられるようになる（最大４種類）］
前作でもおなじみ、複数のブレードを使い分けるためのカスタム。
方向キーとブレードボタンの組み合わせで複数のブレードを瞬時に使い分けられます。
今作ではメニュー画面で武装の変更が行える為、ステージ中で武装変更が出来なかった前作とは少しだけ立場が違います。
が、あらかじめ複数のブレードをセットし、瞬時に使い分けられるのはやはり大きな魅力。
カスタム枠をこれに使っても、損のないカスタムではあります。
なお、トラフコンボ（1234）は４種全てをB-コマンダーにセットしていないと発動できません。ご注意を。
■S-コマンダー
［カスタム特性１：複数のショットをショットボタン+方向キーで使い分けられるようになる（最大４種類）］
複数のショットを使い分けるためのカスタム。
こちらも前作でお馴染み……ではあるのですが。
B-コマンダーと違い、ステージ中で武装を変更できる仕様になったことで
一気に微妙な存在になってしまったカスタム。
「状況に合わせてのショットの使い分け」が、
「セットしたものを使い分ける」のではなく「武装を付け替える」事で対応可能になってしまったので……。
■C-クイック
［カスタム特性：チャージショットのチャージ所要時間を1/4に短縮］
チャージショットのチャージに必要な時間を1/4に短縮するカスタム。
チャージ時間自体がそれほど長いという訳ではない為、大きな恩恵とは言えませんが
セットする事によって、その効果が地味に効いてくるいぶし銀の様なカスタム。
C-フルオートと組み合わせると、怒涛の勢いでチャージショットを撃ち続けられるようになります。
初期Ver.では諸事情により入手不可能でしたが、バージョンアップにより入手できるように。
>br>
■フリーバーニア
［カスタム特性：EN無消費での空中横移動可能＆左右の平行移動速度１．５倍］
移動能力を強化するカスタム。
空中で左右の方向キーを入力する事で、地上と同じように左右への平行移動が可能になります。
また、左右方向への移動速度もバーニアの効果で上昇。
通常より早く移動する事が可能になる為、アサルトの使用を抑えENの消費を低減できたり、
ジャンプ後、空中で横移動をしながらの攻撃で空中の敵機への対応もしやすくなったりと、使えるカスタムです。
■B-マスタリー
［カスタム特性：ブレード攻撃の消費EN０］
ブレードの消費エネルギーを０にするカスタム。
EN消費の大きいヴァルカ、モーゼと非常に相性が良く、強力なブレードを無消費で振り回せます。
今作では、ストレージに武器を持ち込んで次周で使用する、という事もできるので、
このB-マスタリーさえあれば序盤のENが少ない時期でも、強力なブレードを振るう事が可能に。
Stage50のSを取るのにも役立ちます。もちろん、後半のステージ進行でも大きな助けに。
ただし、かなりレアなカスタムなので入手が難しいです。
１個入手したら、必ずストレージに保管しておきましょう。
■A-マスタリー
［カスタム特性：アサルト攻撃の消費EN０］
アサルトの消費エネルギーを０にするカスタム。
EN消費の大きいハイロブラスター、ヴィヨルムと非常に相性が良く、
防御、攻撃共に高い能力を持ったアサルトも、無消費で使用し続ける事が出来ます。
特に、EN消費は大きいけれど防御と範囲に優れるハイロブラスター、
そして攻撃と追加効果に優れるハレーには効果絶大。
もちろん、アサルトを移動に使う場合でもEN消費０は大きな助けに。
今作では、ストレージに武器を持ち込んで次周で使用する、という事もできるので、
A-マスタリーを装備する事で強力なアサルトの早期からの仕様、育成が可能になります。
A-マスタリーとハレーを組み合わせるだけで、序盤〜中盤はほぼ敵のいない状態に。
■S-マスタリー
［カスタム特性：ショット攻撃の消費EN０］
ショットの消費エネルギーを０にするカスタム。
これさえあれば7-WAYの様な連射系ショットも、グランブレイズの様な単発で消費の大きいショットも使い放題に。
EN消費の大きいショットにはもちろん大きな効果を発揮しますが、
S-マスタリーに加え、S-フルオートも組み合わせた時には無尽蔵のショット連射という
恐ろしい能力を発揮します。
■C-マスタリー
［カスタム特性：チャージショット攻撃の消費EN０］
チャージショットの消費エネルギーを０にするカスタム。
EN消費の大きいチャージショット（特にフルクラビティ）を使いたいときに役に立ちます。
また、ハウリングやライトニング、ウェイブカノンといった広域攻撃向きの武装を連射するときにも。
なお、「ENが尽きるまで射撃し続ける」パニッシャーとは、
相性がいいのか悪いのか微妙な関係。（ENの消費自体が発生しないので）
C-マスタリー装備中にパニッシャーを使用した場合は、メニュー画面を開くことで発動解除されます。
■EPセービング
［カスタム特性：全行動の消費ENを2/3にする］
行動のEN消費を全体的に抑えるカスタム。
消費ENの多いものは少なく、少ないものはさらに少なく。戦闘、移動時のEN管理が大幅に改善されます。
序盤からドロップして終盤まで使える、優秀なカスタム。
一つの装備カテゴリを無消費にするマスタリーと比べて、どちらを取るかはプレイヤー次第です。
■S-フルオート
［カスタム特性：ショット自動連射＆チャージショット使用不可］
ショットの自動連射が可能になるカスタム。
ショットボタンホールド中はショットの自動連射を行います。
ただし、装備中はチャージショットが使用不可になるので注意。
前作でもおなじみ、強力なカスタム。
連射系のショットに付けてよし、そうでないショットでも十分な効果を発揮します。
ただし、ウィスプ系、レクティシリーズだけは（弾数制限がある仕様上）相性が悪いので注意。
■C-フルオート
［カスタム特性：チャージショット自動連射（チャージ完了次第発動）＆ショット使用不可］
チャージショットの自動連射が可能になるカスタム。
ショットボタンホールド中はチャージショットの自動連射を行います。
ただし、装備中はショットが使用不可になるので注意。
ライトニングやウェイブカノン、レゾナンスといった、
広範囲の攻撃に向いたチャージショットと非常に相性のいいカスタム。
上記のチャージショットと組み合わせた場合、連射するだけで敵が殲滅可能になります。
C-クイックと組み合わせれば、高速でチャージし、連続してチャージショットを放つ鬼のような運用が可能に。
尚、ノヴァだけは「チャージ完了以降、溜め続ける事で威力と範囲が上昇する」という特性上、
チャージが完了次第発動するC-フルオートとは非常に相性が悪いです。
威力自体もチャージ完了直後はそれほど高くない為、ENを食い過ぎて非常に燃費が悪くなります。
■バランサー
［カスタム特性：ノックバック無効、移動効果無効］
移動効果を無効にするカスタム。
敵から受けた攻撃によるノックバックの移動を無くすほか、
吸い込み穴の吸い寄せなど、強制移動効果を無効にする事が出来ます。
特にバランサーの最大の恩恵として、後半ステージの吸い込み穴+金棘トラップを完全に無効化可能。
また、敵の攻撃によって発生するノックバックをなくすことが出来ます。
攻撃によって移動し、棘に押し込められたりする危険を無くす事が可能に。
……ただし、「ノックバックしない」という事は敵の攻撃を受けても下がらない、という事で、
断続的にダメージを与えてくる敵に対しては相性が悪くなります。
■THEL
［カスタム特性：付近にロックオン済みの敵がいる場合、定期的に自動でエネルギー弾発射］
付近にいるロックオン済みの敵に対して、「無消費で」エネルギー弾を発射し自動攻撃を行うカスタム。
クラリーノが攻撃せずとも敵にダメージを与えられる、貴重なオート攻撃能力を得られます。
…………が、その「無消費オート攻撃能力」がとても残念な威力なので、非常に微妙なカスタム。
攻撃力が低いため決定打にはもちろん、攻撃の補助として使うにも弱く、
加えて相手へのロックオンが必須のため、カスタムの１枠を使う程かは……。
■ハードロック
［カスタム特性：敵へのロックオン効果が、クラリーノがダメージを受けても解除されない］
ロックオン能力を強化するカスタム。
通常はクラリーノ被弾時に解除されてしまうロックオン効果が、ダメージを受けても持続し続ける様になります。
ロックオン、ホーミング効果のある武器をより有用に使えるカスタム。もちろん今作でも有用です。
■ソナー
［カスタム特性：攻撃にロックオン効果付与］
攻撃にロックオン効果を付与し、どんな武装でもロックオン効果を与えられる様になるカスタム。
武装全てにロックオン効果を付与できるため、ホーミング能力のある武装が活用しやすくなります。
ムラクモ、7-WAY、ハウリング等、攻撃範囲の広い武装程、ロックオン効果の付与の恩恵を強く受けられます。
特に敵や壁を貫通して攻撃できるムラクモと組み合わせれば、ホーミング系武装の殲滅力が大幅に上昇します。
■ロックサークル
［カスタム特性：クラリーノの周囲にロックオンサークル展開、サークル内に入った敵を自動ロックオン］
ロックオン能力を強化するカスタム。
クラリーノ周囲に展開されたサークルに入った敵機を、自動的にロックオンします。
近付くだけで敵機にロックオン効果を与えられるため、非常に有用です。
敵とすれ違いロックオンし、ホーミング系武装で攻撃を加える事が可能な、
単体相手でも複数相手でも、非常に有用なカスタムです。
ただしホーミング能力のあるアサルトは、ロックオンが付く事で却って使い辛くなる事も有るのでご注意を。
■フローター
［武装特性：浮遊］
クラリーノの移動能力強化し、移動方法を『歩行』から『浮遊』に変更するカスタム。
通常の左右移動が浮遊に変わる事に加え、
上下移動も十字キーを上下に入力するだけで移動出来る為、ジャンプが不要になります。
敵の上下を抜けられるようになるほか、ジャンプ、アサルト移動のEN消費も抑えられます。
ただし速度は勿論アサルトに劣るので、『移動力を得る』というよりは、浮遊できるカスタムと捉えた方がいいです。
また、ショット変更（又はS-コマンダー）を装備して、疑似的にSTG操作を行う、というプレイもできます。